La península de Jandía es un edificio de estructura lineal a modo de dorsal, construido por superposición de coladas sálicas y básicas con materiales de la serie I. Entre sus alienadas crestas se encuentran las máximas alturas de Fuerteventura, con cimas de más de 800 m, destacando en su paisaje el arco de Cofete, una de las panorámicas más espectaculares de Canarias. Este macizo está conectado con el resto de la isla a través de un istmo cubierto por arena móvil que se desplaza en la dirección del alisio.
En Jandía se dan cita prácticamente todos los hábitats más importantes de Fuerteventura, el sabulícola (El Jable), el halófilo (Saladores de sotabento), el de llanuras pedregosas, el de barrancos y vaguadas, y el de cumbres. Las arenas de El Jable son la mejor manifestación de hábitat sabulícolas de toda la isla si atendemos a su extensión y diversidad florística. Entre las plantas halófilas de este hábitat destaca la presencia de una uvilla de mar sahariana, diferente a la que está en el resto del archipiélago (Zygophyllum gaetulum). Pero las mayores concentraciones de endemismos y especies raras se encuentra en las cumbres, con abundantes rupícolas endémicas -algunas exclusivas de esta zona como la magarza de Jandía (Argyranthemum winteri) o la taginaste de Jandía (Echium handiensi)-, y una avifauna de rapaces y carroñeros excepcional. En sus riscos se refugian al menos dos especies muy amenazadas, el guirre (Neophron percnopterus) y el halcón de Berbería (Falco pelegrinoides). Sobre las arenas de El Jable se localizó un interesante yacimiento de pardelas hoy extintas (Puffinus holei) y viven poblaciones de hubara; mientras que en los barrancos del sur se refugia otra ave endémica, la tarabilla (Saxicola dacotiae). Además toda Jandía presenta numerosos yacimientos de la fauna marina del Cuaternario, situados la mayoría de ellos en la costa y unos pocos hasta 55 m s.n.m.
En la parte sur y este de Jandía, lindando con el límite del parque, se concentran importantes y extensas instalaciones turísticas. Las magníficas playas de la costa de Jandía condicionan -sobre todo en el sur- un intenso uso de bañistas. Dentro del área protegida y junto al faro de punta de Jandía, se localiza el Puerto de la Cruz, un antiguo asentamiento pesquero. Si bien este núcleo está más o menos consolidado, no ocurre lo mismo con otro existente en la fachada norte de Jandía, el de Cofete, compuesto por una veintena de chabolas y algunas casas de bloques de manufactura ilegal en su mayor parte. Justo en medio del arco de Cofete, se encuentra el palacio de los Winter, la mansión de unos de los antiguos propietarios de Jandía. Los Winter vivieron aquí en condiciones de asilamiento casis total en una época donde una incipiente agricultura, la ganadería y la elaboración de quesos eran las prácticas más destacadas. La ganadería aún perdura y los quesos de elaboración tradicional aún gozan de cierto renombre, pero la agricultura sólo sobrevive en el valle de Jorós (tomate y alfalfa), al oeste de Morro Jable.
Los usos que hoy afectan a este espacio provienen de la actividad turística cercana, y se traducen principalmente en un excesivo tráfico de vehículos todoterreno, extracciones ilegales de áridos (barranco de Pecenescal, hoya del Caballo) y algunas construcciones clandestinas dentro del área protegida. El hecho de ser una zona muy venteada ha sido la causa de la reciente ubicación en El Jable y la punta de Jandía de una instalación eólica para generar energía eléctrica.
La ampliación de la ZEPA de 2006 incluye territorios declarados ASE y un sector de mar de escasa profundidad, que representa un lugar de gran interés para las aves limícolas.
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